PBI’s Indonesië Project biedt geen beschermende begeleiding, zoals in de meeste andere projectlanden wel het geval is. De focus in Indonesië ligt op capaciteitsopbouw. Van 2014 tot 2018 hebben bijna 50 mensenrechtenbeschermers het programma Basic Course for Human Rights in samenwerking met Elsam gevolgd. Dat programma is nu afgerond. De focus van de deelnemers lag op veel verschillende thema’s, waaronder economische rechten voor inheemse vrouwen; de criminalisering van politieke organisaties; de schendingen van de arbeidsrechten van medewerkers op de scheepswerven; sociaaleconomische rechten en de impact van de palmolie industrie.
PBI blijft de mensenrechtenverdedigers vanuit zowel het eerste project (1999-2011) als en het tweede project (2014-2018) ook na afloop volgen, zij het op afstand.