In 1994 ontving PBI verschillende verzoeken tot begeleiding in Mexico, met name van organisaties in de zuidelijke deelstaat Chiapas, waar de mensenrechtensituatie was verslechterd als gevolg van de inheemse opstand en de inzet van het leger en paramilitairen. Na een onderzoeksmissie besloot PBI in 1998 om een permanent kantoor in Mexico te openen. Dat kantoor kwam er uiteindelijk in 1999, in Mexico-Stad.
Vanwege het feit dat er in Chiapas al veel internationale organisaties aanwezig waren, lag de focus van het PBI-project in Mexico in eerste instantie op de zuidelijke deelstaat Guerrero. Daar hadden mensenrechtenverdedigers net als in Chiapas te maken met ernstige vormen van onderdrukking, wat bovendien grote gevolgen had voor de sociale binding. In 2001 opende PBI dan ook een regionaal kantoor in Chilpancingo, de hoofdstad van Guerrero. Later, na een periode van geweld in 2006, kwam er ook nog een regionaal kantoor bij in Oaxaca, de hoofdstad van de gelijknamige deelstaat.
Aangezien PBI Mexico in de daaropvolgende jaren ook veel verzoeken tot begeleiding kreeg uit andere deelstaten, werd in 2011 besloten om het regionale kantoor in Chilpancingo te verplaatsen naar een andere regio. Dit nieuwe kantoor kwam er uiteindelijk in 2013, in Chihuahua, in het noorden van het land, om organisaties te begeleiden in de deelstaten Chihuahua en Coahuila.
Tegenwoordig werkt PBI Mexico met drie teams. Het coördinatiekantoor bevindt zich nog altijd in Mexico-Stad en daarnaast zijn er twee teams van veldvrijwilligers werkzaam: een vanuit Oaxaca (voor de deelstaten Oaxaca en Guerrero) en een vanuit Chihuahua (voor de deelstaten Chihuahua en Coahuila).
In Mexico begeleidt PBI organisaties die zich bezighouden met onder andere land- en milieurechten, gedwongen verdwijningen, migrantenrechten, geweld tegen vrouwen en straffeloosheid.
Beschermende begeleiding aan lokale mensenrechtenverdedigers is een van de hoofdtaken van de projectvrijwilligers in Oaxaca en Chihuahua. De teams van vrijwilligers treden op als internationale waarnemers en worden ondersteund door internationale steunnetwerken. Daarnaast onderhoudt PBI Mexico contact met de Mexicaanse overheid, met ambassades en met internationale organisaties, zoals de Verenigde Naties.