PBI is een non-hiërarchische organisatie en opereert op basis van consensus. Dit betekent dat alle PBI-instanties door de General Assembly zijn gedelegeerd met het recht en de verantwoordelijkheid om beslissingen op basis van consensus onder eigen leden te nemen. Instanties worden aangemoedigd om anderen te raadplegen voor het nemen van beslissingen die gevolgen buiten hun eigen instantie kunnen hebben. De structuur van PBI bestaat uit meerdere instanties die samenwerken om mensenrechtenverdedigers te beschermen en te ondersteunen.
Projectlanden
PBI werkt in acht projectlanden: Mexico, Guatemala, Honduras, Nicaragua (vanuit Costa Rica), Colombia, Kenia, Nepal en Indonesië. In elk projectland werken teams aan de bescherming van mensen en organisaties die bedreigd worden vanwege hun mensenrechtenwerk. Ze houden zich onder andere bezig met documentatie, beschermingswerk, pleitbezorging, het trainen en ondersteunen van vrijwilligers, samenwerking met andere organisaties en fondsenwerving. De structuren en bezetting van staffuncties verschillen per project. De projectlanden werken ook nauw samen met landengroepen en het internationale secretariaat om het internationale steunnetwerk te onderhouden.
Landengroepen
Er zijn in totaal 14 landengroepen: Canada, Verenigde Staten, Ierland, Verenigd Koninkrijk, Frankrijk, Duitsland, België, Zwitserland, Spanje, Italië, Noorwegen, Zweden, Australië en Nederland. Deze landengroepen ondersteunen de projectvrijwilligers onder andere door middel van:
- Voorlichting en publiciteit over vrede, mensenrechten, de ondersteunde projecten en organisaties en het nut van PBI’s ongewapende beschermingswerk voor bedreigde mensenrechtenverdedigers;
- Werving, training en begeleiding van projectvrijwilligers;
- Creëren en onderhouden van steunnetwerken voor de projecten;
- Lobby en advocacy door middel van onderhoud, versteviging en uitbreiding van het (politieke) steunnetwerk;
- Fondsenwerving.
Internationaal Secretariaat
Het Internationale Secretariaat bestaat uit een Internationale Raad, een Internationaal kantoor (in Brussel) en specifieke comités. Deze organen zijn verantwoordelijk voor het management, de coördinatie, de financiën, de fondsenwerving, de beleidsontwikkeling en het toezicht, de organisatorische ontwikkeling en de internationale publicaties.
Het hoogste besluitorgaan binnen PBI is de General Assembly, die eens in de drie jaar bijeenkomt. Hier komen mensen van de landengroepen, afgevaardigden van de projecten en de comités bijeen. Naast de General Assembly is er een Internationale Raad, die het beleid en de procedures van de General Assembly implementeert. Ook kan deze raad beslissingen nemen tussen deze grote vergaderingen door. De leden worden benoemd voor een periode van drie jaar. Zij beslissen over het openen van eventuele nieuwe projecten alsook over het sluiten van projecten (in samenwerking met de projectcomités).
Peace Brigades Nederland
Peace Brigades Nederland is een van de 14 landengroepen van PBI. PBI Nederland heeft een secretariaat met een wisselend aantal betaalde medewerkers en stagiair(e)s, een onbezoldigd bestuur en veel vrijwilligers. Daarnaast heeft PBI Nederland een Raad van Advies en een Comité van Aanbeveling.